La orden Mercedaria estuvo presente en la fundación de la ciudad y edificó allí su templo y convento. Al producirse el traslado al sitio de La Toma, les fue entregado el solar de la actual esquina de 24 de Septiembre y Virgen de La Merced.
Originalmente fue una humilde capilla pero debido a su lamentable estado de conservación, en el año 1834 se comenzó a construir una nueva iglesia ubicada a un costado de la anterior. En el año 1916 debió ser clausurada ya que la construcción no era segura y veintiséis años después fue demolida para dar comienzo a la edificación del templo que actualmente se conoce como Iglesia de la Merced. La obra, inaugurada en 1950, fue costeada por el gran filántropo tucumano Alfredo Guzmán y su esposa Guillermina Leston, quedando un edificio de estilo neocolonial con tres naves.
El 5 de agosto del año 1957 el camarín de la Virgen fue declarado Monumento Histórico Nacional y 40 años más tarde, el 12 de septiembre de 1997 es declarada Lugar Histórico la parroquia y el santuario. El 15 de agosto de 2009 el Vaticano elevó a la parroquia y santuario a la categoría de Basílica Menor.
Se caracteriza por poseer un interior muy simple y conserva en ella la imagen de la Virgen de La Merced, que fue proclamada Generala de los Ejércitos en 1812; los murales alusivos a la batalla de Tucumán; el Bastón de mando con empuñadura de oro que le ofreciera el Gral. Manuel Belgrano a la Virgen; la imagen del Señor de La Salud; la Bandera tomada de los Realistas en la Batalla de Salta en 1813; la Bandera tomada en la toma de Humahuaca en 1817; la tumba del filántropo tucumano Alfredo Guzmán y la tumba del Presbítero Luis Beltrán Alfaro.