Luego de haber pertenecido a los jesuitas y, tiempo después, a los dominicanos, el templo pasó a ser parte de la orden franciscana. Ubicada en la esquina de 25 de Mayo y San Martín, es otra de las visitas obligadas en el recorrido de la Ciudad Histórica.
Los primeros franciscanos misioneros se establecieron en Tucumán en 1565, año de la primera fundación de la ciudad en Ibatín. Al trasladarse la ciudad, en 1685, comenzó a construirse el templo en igual área y ubicación que en el plano de la primera fundación. El 26 de septiembre de 1891 se consagró el templo ya en su construcción actual y en 1901 se terminó la parte del ala este.
El visitante se sorprenderá y emocionará al ver el enorme peso histórico que encierran las paredes de este templo. Fue allí donde se hospedaron varios congresales en 1816, año en que se declaró la Independencia Argentina y también donde se refugiaron las tropas militares de Manuel Belgrano y San Martín.
Conserva reliquias importantísimas como la imagen de San Miguel Arcángel, patrono del templo, que participó de la primera fundación de la ciudad y a quien debe su nombre; una imagen del siglo XIX de San José, que data del siglo XIX, donada por familiares del obispo franciscano José Agustín Molina; el Cristo Yacente del siglo XVIII que perteneció a los Jesuitas y es usado actualmente para la procesión del viernes Santo.
También se destacan en su interior el retablo y los altares de los siglos XVIII y XIX trabajados con el sistema de dorado a la hoja; los muebles que se prestaron para el Congreso de 1816; sillones, mesa y un Cristo (en la sala a la izquierda del altar mayor); la Casulla de San Francisco Solano (S. XVII), la Primera Bandera Argentina en Tucumán y la segunda en el país, que fuera confeccionada en el año 1813 por la Escuela San Francisco y la Capilla del Santísimo Sacramento construida en 1949.
Recientemente se ha inaugurado el museo de San Francisco para poner en valor todo lo que en el templo se albergaba.
El templo fue declarado Monumento Histórico Nacional en el año 1964. El convento creado en 1902 sobre el antiguo colegio jesuita, fue también declarado Monumento Histórico Nacional en el año 1987.