Luego de haber pertenecido a los jesuitas y, tiempo después, a los dominicanos, el templo pasó a ser parte de la orden franciscana. Ubicada en la esquina de 25 de Mayo y San Martín, es otra de las visitas obligadas en el recorrido de la Ciudad Histórica. El visitante se sorprenderá y emocionará al ver el enorme peso histórico que encierran las paredes de este templo. Fue allí donde se hospedaron varios congresales en 1816, año en que se declaró la Independencia argentina y también donde se refugiaron las tropas militares de Manuel Belgrano y San Martín.
El templo fue declarado Monumento Histórico Nacional en el año 1964. Por otra parte, el convento creado en 1902 sobre el antiguo colegio jesuita, fue también declarado Monumento Histórico Nacional en el año 1989.
Recientemente, ha sido inaugurado el museo San Francisco, proyecto que pone en valor numerosos elementos históricos que el templo posee.
Se encuentran exhibidos muebles utilizados en el Congreso de 1816, un Cristo que presidió también las sesiones del congreso, la primer bandera Argentina en Tucumán, entre otros.
También, elementos encontrados en diferentes excavaciones realizadas en el convento como tejas, porcelanatos, elementos de aseos personales, botellas y una maqueta del templo y convento prestado por la Facultad de Arquitectura de la Universidad Nacional de Tucumán.